1、贯彻执行国家有关交通行业的发展战略、方针政策和法律法规；拟定全省公路、水路、地方铁路交通行业发展规划以及中长期计划，并监督执行。
　　2、指导交通行业体制改革；维护公路、水路、地方铁路交通行业的平等竞争秩序；引导交通运输行业优化结构、协调发展；负责行业统计、信息引导工作。
　　3、负责全省公路、水路、地方铁路及其设施建设和维护的行业管理；组织实施省重点公路、水路、地方铁路交通建设项目。
　　4、负责全省公路、水路（含海上）、地方铁路客货运输的行业管理；对全省重点物资运输和紧急客货运输进行调控；负责汽车出入境运输管理和水路、地方铁路与周边国家及邻省的运输衔接与合作事宜；协调指导城乡客货运输衔接；负责中朝界河航运合作事宜。
　　5、负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理；负责省辖范围内的水上交通安全监督、船舶检验、船舶防污染管理。
　　6、负责全省公路、水路、地方铁路交通规费的稽征。
　　7、组织制定交通技术标准和规范；组织重大科技开发和成果推广，推动行业科技进步。
　　8、负责机关及直属单位的干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作。
　　9、指导交通行业开展国际国内经济技术合作与交流及利用外资工作。
　　10、承办省政府交办的其他事项。

　　根据上述职责，省交通厅机关设13个职能处（室）和机关党委：厅机关办公室、人事劳资处、规划计划处（交通战备办公室）、财务审计处、建设管理处、运输管理处、体改法规处、科技教育处、安全监督管理处、老干部处。除上述内设机构外，另有省纪委、省监察厅向省交通厅派驻的纪检组、监察室。
　　厅直属事业、企业单位有24个：吉林省高速公路管理局、吉林省高等级公路建设局、吉林省公路管理局、吉林省运输管理局（吉林省口岸交通运输管理办公室）、吉林省交通规费征收管理局、吉林省地方铁路管理局、吉林省航道管理局、吉林省地方海事局、吉林省交通科学研究所、吉林省公路勘测设计院、吉林省公路技工学校（省交通厅培训中心）、吉林省交通厅物资供应站、吉林省交通基本建设质量监督站（吉林省交通工程质量检测中心）、吉林省交通厅机关服务中心、吉林交通宣传中心（中国交通报驻吉林记者站、吉林电视台交通记者站）、吉林省人民政府驻北京办事处交通联络处、吉林省交通工程造价管理站、吉林省交通信息通信中心、吉林省公路职工休养所、吉林省交通厅沥青储运站、吉林省高速公路集团有限公司、吉林省吉长交通发展建设有限责任公司、吉林省宇辉地方铁路有限公司、吉林省自然村。